Война уже на пороге. Республика Гальбадия, попавшая под влияние чародейки Эдеи, собирает огромную армию для нападения на другие страны. Скволл и члены элитной организации SeeD объединяются с партизанкой Риноа, чтобы противостоять Гальбадии и помешать Эдее.