Действие игры происходит в далеком будущем, когда человечество колонизировало самые дальние уголки космоса. Сюжет Morphite – это история Мирры Кейл, молодой женщины, жизнь которой резко изменилась, после того как простая миссия в космосе обернулась грандиозным межзвездным путешествием, открывшим ее таинственное прошлое и связь с желанным веществом под названием Морфит. Мирра будет путешествовать по самым далеким уголкам космоса и исследовать генерируемые на основании процедур планеты, каждая из которых имеет разнообразные пейзажи и населена экзотическими видами животных и растений. С помощью сканера Мирра будет продавать биологическую информацию для приобретения улучшений корабля, костюма и оружия.