В мире Mages of Mystralia ты играешь за Зию, юную девушку, которая обнаруживает у себя врожденное чувство магии. К сожалению, на магию наложили запрет, поэтому Зия пытается тренироваться самостоятельно, чтобы обрести хоть какой-то контроль над своими силами. На своем пути она встречает других магов-изгнанников, находит магические руны и понимает, что из них можно составлять миллионы различных комбинаций и получать совершенно новые заклинания. Сюжет написан автором бестселлеров Эдом Гринвудом, создателем фэнтези-мира Forgotten Realms для Dungeons and Dragons, послужившим основой таких игр, как Baldur’s Gate и Neverwinter Nights, а также порядка 170 книг жанра фэнтези.