Сюжет Psyvariar 3 разворачивается спустя много лет после событий Psyvariar 2. После падения ETA фракция псивариаров объявила, что Земля слишком ценна, чтобы от неё отказаться. Они поклялись вернуть и заново заселить планету, возродив из пепла всегалактический интеллект, чтобы тот продолжил выполнять свою изначальную задачу. Прошли многие десятилетия. Колония на Земле процветала. Но затем… был получен таинственный сигнал. После обнаружения глюонов человечество охватил знакомый ужас… Земля вновь оказалась в осаде. И теперь спасти людей сможет только новое поколение псивариаров.