Действие «Синоби: Военачальник» разворачивается в конце бурной эпохи, известной как период Сэнгоку в феодальной Японии. История повествует о восхождении и триумфе Токугавы Иэясу, человека, одержимого жаждой власти. На фоне хаоса и конфликта разворачиваются последствия его стремления к доминированию.