Neko Secret Homecoming сочетает в себе 3D-исследование города Неко от третьего лица с 2D-головоломками на фабрике аниме. Для взлома терминалов фабрики аниме требуется решать головоломки с картинками, в результате чего открываются красивые изображения; для разнообразия по всему миру разбросаны различные мини-игры, включая игру в дартс и взлом сейфа. Вашу героиню тоже можно полностью менять с головы до пят, начиная от аксессуаров и нарядов и заканчивая формой тела и прической!