Айзек Кларк — рядовой инженер, отправленный на огромный космический корабль «Ишимура» для проведения ремонтных работ. По прибытии он узнает об ужасной трагедии: команда корабля была убита, а его возлюбленная Николь пропала где-то на борту. Теперь Айзек может полагаться только на свои навыки и простые инструменты, с помощью которых ему предстоит раскрыть ужасную тайну произошедшего на борту «Ишимуры» и найти Николь. Столкнувшись с враждебными существами — некроморфами, — Айзек должен сделать всё возможное, чтобы выжить и сохранить рассудок.