Гибрид боковой прокрутки и действия сверху вниз в Blaster Master Zero 3 возвращается в своей третьей главе, и он стал еще более интенсивным, чем когда-либо прежде! Главный герой сериала Джейсон отправляется туда, где все начиналось, на планету Софию, чтобы спасти героиню сериала Еву в этой последней части трилогии BMZ. В предыдущей игре Blaster Master Zero 2, Джейсон и его напарница Ева наконец достигли места назначения, планеты София, после долгого и трудного путешествия в космос. Однако по прибытии их уже поджидала новая угроза. Без предупреждения они были атакованы, схвачены и отделены друг от друга войсками Софии, Силой Софии. Новое путешествие Джейсона начинается на Софии после того, как он сбегает с базы Sophia Force на борту своего вездеходного боевого танка G-SOPHIA SV и начинает поиски Евы. Эта очаровательная межгалактическая история подходит к своему эпическому завершению, начиная с глубин планеты Земля и заканчивая космическим пространством, а теперь и за пределами пространственных разломов!